网站的结构可以分为逻辑结构和物理结构，网站物理结构指的是网站真实的目录及文件所存储的位置所决定的结构。一般来说比较好的物理结构可以有两种，一是扁平式的，也就是所有网页都存在网站根目录下。所有这些页都是在根目录这一级别，形成一个扁平的物理结构。第二种就是树型结构，也就是根目录下分成多个频道，或者叫类别，目录等，所以结构层级鲜明是他的特点，树形结构更适合大型网站。
网站结构的第二个意义指的是逻辑结构或链接结构，也就是由网页内部链接所形成的逻辑的或链接的网络图。比较好的情况是逻辑结构与前面的树型物理结构相吻合，也就是说:
主页链接向所有的频道主页
主页一般不直接链接向内容页，除非是你非常想推的几个特殊的页
所有频道主页都连向其他频道主页
频道主页都连回网站主页
频道主页也连向属于自己本身频道的内容页
频道主页一般不连向属于其他频道的内容页
所有内容页都连向网站主页
所有内容页都连向自己的上一级频道主页
内容页可以连向同一个频道的其他内容页
内容页一般不连向其他频道的内容页
内容页在某些情况下，可以用适当的关键词连向其他频道的内容页
频道形成分主题
你可以清楚的看到这些链接会很自然的形成一个树型的网络图，而这种逻辑的或链接的网络可以与物理结构重合，也可以不一样。比如扁平式的物理结构网站也完全 可以通过链接形成逻辑上的树型结构。现在可能有人会说搜索引擎不是不喜欢那么深的结构吗?当然在结构上也要控制一下，什么事情都不能过分吗?还有人可能还 会说那么深会抓取到吗?我认为其实是可以的，就看你怎么做了，如果你直接在首页做个最底层页的链接，那么一定能抓取到。
收录的容易与否是在于离主页有几次点击的距离，而不是它的物理位置，即使目录结构表现非常深的网页，只要他在首页存在一个链接，那么对于搜索引擎而言，他也是一个仅次于首页的二级页面。
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